同露地栽培相比，草莓保护地栽培也有连作障碍。而且由于保护地的相对稳定性，连作障碍比露地栽培严重，影响草莓生产的持续发展。常年连作草莓，草莓产量会逐年下降，原因主要有病毒病和黄萎病等蔓延；土壤耕作层变浅；土壤盐离子浓度增大；土壤有机质含量减少，地力下降等。要克服连作障碍，可采取以下措施。
(1)改良土壤逐年深耕，增施有机肥，加厚适宜根系活动的有效土层。
(2)轮作压青大棚草莓5月下旬果实采收后种禾本科作物，如水稻，短期栽培后割青翻人土壤$或高密度种植高粱、玉米，7月上旬植株70～80厘米高时割青耕翻人土。各地可据具体情况选择适宜的轮作作物。
(3)土壤消毒利用太阳能、化学药剂等对土壤进行土壤消毒。7～8月份，在大棚内作畦，浇水，使土壤水分呈饱和状态，2～3天后覆盖旧塑料薄膜。在强阳光照射下，膜下温度很快升到40℃以上。经过14天左右40℃以上高温处理，能有效地防止草莓黄萎病、立枯病及线虫、杂草危害。用溴甲烷进行土壤消毒，每10～15米”用溴甲烷气化剂500克，要求15～20厘米土层温度达到15℃以上，土壤湿度7o%～8o%，可以杀灭土壤中线虫和病菌。